Cieki powierzchniowe, które przepływają przez obszar gminy Zakliczyn stanowią prawo i lewobrzeżne dopływy rzeki Dunajec. Odwadniając w pełni teren 24 sołectw gminy.
Dunajec (prawy dopływ Wisły) przepływa w północnej części gminy Zakliczyn od zachodu w kierunki północno-wschodnim na długości około 13.6 km przyjmując wodę z zaewidencjonowanych 15 prawo- i lewobrzeżnych jego bezpośrednich dopływów, do których należą następujące potoki i cieki bez nazwy (na mapie od strony prawej):
Potok Brzozowianka (prawobrzeżny) o długości 14.9 km z dopływami na terenie gminy z Zazborówki. Wróblowic i Faściszowej. Stara Paleśnia(P) długości 2.4 km. Dopływ z Zawady Lanckorońskiej (lewobrzeżny) długości l,8 km. Potok Paleśnianka (P) długości 19.4 km z dopływami powyżej 2.0 km: dopływ bez nazwy (P) o długości 2.2 km. Potok Słonianka(P) długości 6.45 km. z Ciepielówki (P) o długości 2,2 km. spod Góry Mogiła (L)o długości 3,9 km, z Dzierżanin (L) o długości 2.1 km. Dopływ lewobrzeżny od Zawady Lanckorońskiej długości 1.5 km, Dopływ spod Zakliczyna( P) długości 1.6 km. Potok Wolanka(P) długości 5,8 km z dopływami: z Wesołowa o długości 1.2 km oraz ze Zdoni o długości 2.3 km. Potok Stróżanka (P) długości 6.8 km z dopływem z Pogórza o dł. 3.4 km, Potok Wieleń (L) długości 8.2 kin z dopływami: spod Gwoźdźca długości 3,4 km, z Jaworska długości 2.6 km. Dopływ z Melsztyna(L) długości 1.5 km. Dopływ spod Nowej Wsi(L) długości 5.8 km z prawym dopływem spod Faliszewic długości 2.6 km. Dopływ od Stróż (P) długości 3,0 km, Dopływ z Filipowic (P) długości 2.8 km, Dopływ spod Biskupic Melsztyńskich(L) długości 1.9 km. Potok Rudzanka (P) długości 7.3
km.
Granice zlewni cząstkowych dopływów nie pokrywają się z granicami administracyjnymi gminy. Część sołectwa Jamna stanowi obszar zlewni rzeki Białej Tarnowskiej podobnie jak i fragment Słonej oraz Kończysk. Południowo-zachodnia część sołectwa Dzierżaniny kieruje swoje wody do Dunajca w rejon Rożnowa. Natomiast zlewania Wielenia przekracza granicę gminy w Gwoźdźcu i obejmując wieś Jaworsko w gminie Dębno. Podobny przypadek dotyczy górnych części dorzecza Brzozowianki z Siemiechówką, które odwadniają tereny sołectw Siemiechów i Brzozowa w gminie Gromnik.
Wyszczególnione cieki III rzędu, bezpośrednie dopływy Dunajca według klasyfikacji ogólnej niosą wody II i III klasy czystości oraz pozaklasowe nie odpowiadające normatywom.
Dunajec zaliczany jest do rzek karpackich odznaczających się dużymi spadkami i małym rozwinięciem brzegu. Ich spadki na terenie pogórza wynoszą średnio 1% - 5% zaś dopływów od 10- 20% w górnych odcinkach dochodząc nawet do 40%. Charakteryzują się one dużą zmiennością stanu wody, który gwałtownie wzrasta podczas obfitych opadów. Ze wszystkich rzek karpackich Dunajec posiada najwyższy wskaźnik powodziowości. Doliny dopływów Dunajca są generalnie wąskie i mają postać wciosów ostrych lub skrzynkowych wciętych w warstwy piaskowca. Wzgórza rozcinają ponadto liczne młode niewielkie dolinki odwadniane stale lub tylko okresowo. Mają one postać debrzy, wciosów, wąwozów i wądołów.
Sieć rzeczna ze względu urozmaiconą rzeźbę jest dobrze rozwinięta. Deniwelacje terenu są znaczne, różnica wysokości pomiędzy najwyżej położonym punktem (Jamna 530 m n.p.m.), a korytem Dunajca (210 - 220 m n.p.m.), sięga tu 300 metrów. Rozczłonkowanie pogórzy sprzyja szybkiemu odprowadzaniu wód opadowych i wpływa na wielkość i szybkość spływu.
Cieki wodne płyną malowniczymi dolinami, przeważnie o dość stromych zboczach i szerokich dnach co powoduje powstawanie oprócz malowniczych i pięknych krajobrazowo przełomów (np. Paleśnianka z kilkoma efektownymi wodospadami) wypełnianie dolin przez różnego typu nanosy. Utwory te a także polodowcowe iły, gliny, i piaski mają duży wpływ na tworzenie gleb stając się ich macierzystymi składnikami.
Słabo przepuszczalne podłoże powoduje duże wahania stanów wody w ramach tzw. spływu powierzchniowego, szczególnie podczas wiosennych roztopów i po letnich ulewach. Z historii pamiętne są powodzie z roku 1934 i późniejsze (m.in. 1997, 2001), które spowodowały bardzo wielkie szkody w gospodarce.
Stawy
Na terenie Gminy Zakliczyn występują, stawy o różnym pochodzeniu:
stawy o pochodzeniu naturalnym - pozostałość starorzeczy rzeki Dunajec W ewidencji znajduje się jeden staw powstały w wyniku zmiany koryta rzeki Dunajec w - okolicach wsi Charzewice. Staw ten ma powierzchnię 15 ha. Istnieją, także liczne niewielkie odcinki starorzecza w okolicach Charzewic, Faliszowic, Roztoki.
stawy powstałe w wyniku świadomej działalności człowieka Są to zbiorniki wodne utworzone w celu hodowli ryb (w miejscowości Bieśnik), stawy na terenach parków podworskich oraz stawy powstałe w wyniku eksploatacji żwiru. W eksploatacji w Bieśniku są stawy o łącznej powierzchni ok. l .0 ha.
oddzielną grupę stawów stanowią małe zbiorniki wodne znajdujące się na terenach parków okołodworskich w Stróżach, Wróblowicach i Lusławicach. Zbiorniki te są w różnym stopniu zanieczyszczone.
na skutek eksploatacji żwiru do celów budowlanych i drogowych w żwirowniach na terenie gminy powstały wyrobiska, które samoczynnie zapełniają się wodą gruntową do poziomu wody w Dunajcu.
opracowane na podstawie materiałów własnych oraz opracowania pt "Program ochrony środowiska dla gminy Zakliczyn" wykonany przez "TORON" Przedsiębiorstwo Badawczo-Wdrożeniowe - Tarnów
